Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COPB1P53618 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
COPB1P53618 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COPB1P53618 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COPB1P53618 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COPB1P53618 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COPB1P53618 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COPB1P53618 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COPB1P53618 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85 ms