Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC36.28■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
COL18A1P39060 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
COL18A1P39060 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
COL18A1P39060 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
COL18A1P39060 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
COL18A1P39060 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
COL18A1P39060 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
COL18A1P39060 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC36.13■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC36.12■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC36.11■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC36.07■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
COL18A1P39060 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC36.04■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
COL18A1P39060 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.01■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
COL18A1P39060 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC35.9■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
COL18A1P39060 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC35.84■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC35.83■■■■□ 3.33
COL18A1P39060 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
COL18A1P39060 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms