Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.8■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC35.79■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.78■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
COL3A1P02461 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC35.68■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
COL3A1P02461 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC35.63■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC35.59■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
COL3A1P02461 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC35.54■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
COL3A1P02461 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC35.46■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.45■■■■□ 3.27
COL3A1P02461 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
COL3A1P02461 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC35.38■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.37■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC35.36■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC35.36■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL3A1P02461 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.8 ms