Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
LHX3Q9UBR4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms