Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LDB2O43679 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LDB2O43679 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LDB2O43679 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LDB2O43679 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LDB2O43679 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LDB2O43679 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LDB2O43679 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LDB2O43679 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LDB2O43679 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LDB2O43679 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.3 ms