Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LHX3Q9UBR4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LHX3Q9UBR4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.1 ms