Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LHX3Q9UBR4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LHX3Q9UBR4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.2 ms