Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC1P18827 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC1P18827 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC1P18827 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC1P18827 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC1P18827 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SDC1P18827 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
SDC1P18827 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SDC1P18827 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SDC1P18827 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SDC1P18827 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SDC1P18827 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SDC1P18827 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms