Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
SMCO3A2RU48 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SMCO3A2RU48 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms