Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM28Q13263 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
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