Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PCIF1Q9H4Z3 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PCIF1Q9H4Z3 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms