Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNE4Q8N205 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE4Q8N205 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE4Q8N205 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms