Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
UBE3DQ7Z6J8 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
UBE3DQ7Z6J8 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
UBE3DQ7Z6J8 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms