Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
PTPN4P29074 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
PTPN4P29074 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms