Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
TRIM28Q13263 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TRIM28Q13263 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TRIM28Q13263 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
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