Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
LDB2O43679 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LDB2O43679 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LDB2O43679 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LDB2O43679 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LDB2O43679 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LDB2O43679 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LDB2O43679 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LDB2O43679 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LDB2O43679 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LDB2O43679 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 465.6 ms