Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
PTPN4P29074 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PTPN4P29074 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms