Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCNAP12004 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCNAP12004 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCNAP12004 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCNAP12004 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PCNAP12004 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCNAP12004 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCNAP12004 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCNAP12004 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCNAP12004 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCNAP12004 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCNAP12004 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCNAP12004 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCNAP12004 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCNAP12004 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCNAP12004 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCNAP12004 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCNAP12004 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCNAP12004 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
PCNAP12004 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCNAP12004 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCNAP12004 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCNAP12004 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms