Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SKA3Q8IX90 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA3Q8IX90 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.9 ms