Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
PCIF1Q9H4Z3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCIF1Q9H4Z3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms