Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SKA1Q96BD8 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SKA1Q96BD8 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 199.6 ms