Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NUMA1-201ENST00000351960 3775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.835e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-232ENST00000613205 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.02□□□□□ -0.975e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 TMX4-201ENST00000246024 6169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.267e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.127e-10■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.767e-10■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 ATAD3A-201ENST00000339113 2330 ntTSL 219.5■□□□□ 0.717e-10■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.717e-10■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 PPIA-205ENST00000479021 552 ntTSL 413.37□□□□□ -0.274e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 PPIA-204ENST00000468812 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.654e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.935e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.475e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 TOP3A-206ENST00000489131 582 ntTSL 315.76■□□□□ 0.119e-9■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 TOP3A-208ENST00000542570 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.659e-9■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 C7orf50-207ENST00000488073 853 ntTSL 526.27■■□□□ 1.84e-10■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.052e-7■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 DRG1-206ENST00000548143 338 ntTSL 211.26□□□□□ -0.614e-10■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.611e-8■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 MRPL49-204ENST00000526319 1906 ntTSL 220.49■□□□□ 0.871e-8■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.221e-8■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 MRPL49-202ENST00000524482 2065 ntTSL 214.46□□□□□ -0.091e-8■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 MRPL49-207ENST00000532671 2526 ntTSL 212.44□□□□□ -0.421e-8■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.52e-9■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 TIMM50-215ENST00000601252 1737 ntTSL 516.67■□□□□ 0.264e-9■■■■■ 37.2
UPF1Q92900 JPT2-206ENST00000562684 3185 ntTSL 2 BASIC14.18□□□□□ -0.141e-8■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 JPT2-201ENST00000248098 3718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.281e-8■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 JPT2-205ENST00000562569 458 ntTSL 310.66□□□□□ -0.71e-8■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.842e-27■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 FAM83A-201ENST00000276699 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.992e-27■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 FAM83A-208ENST00000536633 3701 ntTSL 2 BASIC10.61□□□□□ -0.712e-27■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 CTIF-208ENST00000590422 412 ntTSL 318.09■□□□□ 0.495e-9■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.169e-8■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 RFNG-208ENST00000582478 3107 ntTSL 1 (best)15.83■□□□□ 0.139e-8■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 MAP4-204ENST00000395734 5590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.277e-13■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 MAP4-208ENST00000429422 3724 ntTSL 1 (best)11.81□□□□□ -0.527e-13■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SPOUT1-201ENST00000361256 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 KNL1-202ENST00000399668 7607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.893e-27■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SLC17A9-205ENST00000483113 1624 ntTSL 320.28■□□□□ 0.843e-14■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SLC17A9-204ENST00000459704 2015 ntTSL 319.9■□□□□ 0.783e-14■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.273e-14■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SLC17A9-202ENST00000370351 3580 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.293e-14■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 SLC17A9-207ENST00000488738 3992 ntTSL 212.68□□□□□ -0.383e-14■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 CINP-208ENST00000560326 558 ntTSL 519.08■□□□□ 0.649e-7■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 CINP-206ENST00000559504 1781 ntTSL 1 (best)15.36■□□□□ 0.059e-7■■■■■ 37.1
UPF1Q92900 CINP-207ENST00000559514 4270 ntTSL 210.21□□□□□ -0.789e-7■■■■■ 37.1
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UPF1Q92900 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.242e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 ARFGAP2-205ENST00000524782 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.422e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 FZR1-205ENST00000588084 671 ntTSL 236.1■■■■□ 3.372e-9■■■■■ 37
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UPF1Q92900 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 12e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 PALM-210ENST00000593172 2489 ntTSL 220.06■□□□□ 0.82e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.732e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.582e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 PALM-205ENST00000587513 2290 ntTSL 417.93■□□□□ 0.462e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 TOP3A-207ENST00000493648 503 ntTSL 29.69□□□□□ -0.868e-9■■■■■ 37
UPF1Q92900 ENSA-208ENST00000369014 2085 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.352e-8■■■■■ 37
UPF1Q92900 ENSA-209ENST00000369016 923 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.212e-8■■■■■ 37
UPF1Q92900 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.883e-6■■■■■ 37
UPF1Q92900 KDM3B-207ENST00000510866 6324 ntTSL 1 (best)7.43□□□□□ -1.223e-6■■■■■ 37
UPF1Q92900 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.451e-8■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 QSOX1-202ENST00000367602 9311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.891e-10■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.641e-10■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 UPF1-210ENST00000600689 3084 ntTSL 218.44■□□□□ 0.541e-10■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 UPF1-204ENST00000596842 3825 ntTSL 214.78□□□□□ -0.041e-10■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.023e-7■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.086e-7■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 NECTIN2-206ENST00000592018 812 ntTSL 321.4■■□□□ 1.024e-10■■■■■ 36.9
UPF1Q92900 TEX264-206ENST00000419358 531 ntAPPRIS ALT2 TSL 219.3■□□□□ 0.685e-7■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 RAD54L2-201ENST00000409535 9776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.18□□□□□ -0.945e-7■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-209ENST00000521436 1840 ntTSL 521.06■□□□□ 0.968e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-204ENST00000520536 2173 ntTSL 220.02■□□□□ 0.88e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-205ENST00000520738 2633 ntTSL 216.57■□□□□ 0.248e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.048e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.018e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 CCAR2-206ENST00000520861 3560 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.548e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.883e-7■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 TFAP4-207ENST00000575672 1613 nt26.99■■□□□ 1.911e-9■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 11e-9■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 TFAP4-206ENST00000575320 6491 ntTSL 214.03□□□□□ -0.161e-9■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.36e-11■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.822e-10■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 STAT3-202ENST00000389272 2615 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.074e-18■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 STAT3-213ENST00000588969 2772 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.244e-18■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC41.56■■■■■ 4.241e-10■■■■■ 36.8
UPF1Q92900 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.173e-9■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 NAP1L4-209ENST00000492594 570 ntTSL 325.79■■□□□ 1.724e-17■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.421e-17■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 NAP1L4-206ENST00000469089 707 ntTSL 319.55■□□□□ 0.721e-17■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.771e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-205ENST00000586257 676 ntTSL 325.69■■□□□ 1.71e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.061e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.841e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.781e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.681e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-216ENST00000591831 1406 ntTSL 517.53■□□□□ 0.41e-15■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 WBP2-207ENST00000587642 3718 ntTSL 210.53□□□□□ -0.721e-15■■■■■ 36.7
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