Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL4A3Q01955 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.4 ms