Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULL8

SHROOM4, Protein Shroom4, humanhuman

Predictions only

Length 1,493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHROOM4Q9ULL8 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC44.61■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.61■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.61■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.61■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC44.6■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC44.6■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.6■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC44.59■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC44.58■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC44.57■■■■■ 4.73
SHROOM4Q9ULL8 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC44.56■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.55■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC44.55■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC44.55■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44.54■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.54■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC44.54■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC44.53■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.53■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC44.53■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC44.53■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.53■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC44.52■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC44.52■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.52■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.52■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.51■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC44.51■■■■■ 4.72
SHROOM4Q9ULL8 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC44.5■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.49■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC44.49■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC44.47■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.47■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC44.47■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC44.47■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.46■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.46■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC44.46■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.46■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.45■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.45■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.45■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.45■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC44.45■■■■■ 4.71
SHROOM4Q9ULL8 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.44■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.43■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC44.43■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC44.43■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC44.43■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC44.43■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC44.42■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC44.42■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.42■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.42■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.41■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC44.41■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.41■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC44.4■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.4■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.4■■■■■ 4.7
SHROOM4Q9ULL8 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC44.4■■■■■ 4.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.3 ms