Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF3Q9UKF6 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CPSF3Q9UKF6 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF3Q9UKF6 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 599.4 ms