Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
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USP49Q70CQ1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
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USP49Q70CQ1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
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USP49Q70CQ1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP49Q70CQ1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP49Q70CQ1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP49Q70CQ1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP49Q70CQ1 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP49Q70CQ1 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP49Q70CQ1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
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