Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PTPN4P29074 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
PTPN4P29074 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PTPN4P29074 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms