Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CPSF4O95639 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CPSF4O95639 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.4 ms