Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
TRIM28Q13263 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
TRIM28Q13263 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
TRIM28Q13263 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
TRIM28Q13263 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
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