Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL4A3Q01955 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL4A3Q01955 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL4A3Q01955 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.5 ms