Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HDAC4P56524 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HDAC4P56524 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
HDAC4P56524 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HDAC4P56524 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HDAC4P56524 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
HDAC4P56524 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HDAC4P56524 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms