Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PRPF40AO75400 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PRPF40AO75400 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
PRPF40AO75400 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
PRPF40AO75400 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86 ms