Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP4AQ9BY43 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP4AQ9BY43 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP4AQ9BY43 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms