Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BRPF3Q9ULD4 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
BRPF3Q9ULD4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123.6 ms