Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
CPSF3Q9UKF6 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.72
CPSF3Q9UKF6 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CPSF3Q9UKF6 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84 ms