Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
HOXC11O43248 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC11O43248 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC11O43248 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXC11O43248 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.4 ms