Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCX3AQ9NNX9 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VCX3AQ9NNX9 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms