Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SLC44A4Q53GD3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SLC44A4Q53GD3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SLC44A4Q53GD3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 510.3 ms