Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
PCIF1Q9H4Z3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.45■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
PCIF1Q9H4Z3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms