Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
LHX3Q9UBR4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LHX3Q9UBR4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LHX3Q9UBR4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LHX3Q9UBR4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.9 ms