Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LMX1AQ8TE12 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LMX1AQ8TE12 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LMX1AQ8TE12 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms