Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
SYNE4Q8N205 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
SYNE4Q8N205 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC30.7■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
SYNE4Q8N205 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.49
SYNE4Q8N205 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms