Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VIMP08670 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VIMP08670 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VIMP08670 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VIMP08670 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VIMP08670 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VIMP08670 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VIMP08670 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VIMP08670 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VIMP08670 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VIMP08670 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VIMP08670 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VIMP08670 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VIMP08670 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VIMP08670 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VIMP08670 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VIMP08670 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VIMP08670 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VIMP08670 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VIMP08670 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VIMP08670 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VIMP08670 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VIMP08670 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VIMP08670 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VIMP08670 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VIMP08670 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VIMP08670 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VIMP08670 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VIMP08670 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VIMP08670 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VIMP08670 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VIMP08670 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VIMP08670 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VIMP08670 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VIMP08670 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VIMP08670 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VIMP08670 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VIMP08670 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VIMP08670 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VIMP08670 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VIMP08670 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VIMP08670 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms