Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CPSF3Q9UKF6 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CPSF3Q9UKF6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CPSF3Q9UKF6 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms