Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VIMP08670 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VIMP08670 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VIMP08670 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VIMP08670 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VIMP08670 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VIMP08670 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VIMP08670 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VIMP08670 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VIMP08670 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VIMP08670 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VIMP08670 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VIMP08670 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VIMP08670 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VIMP08670 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VIMP08670 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VIMP08670 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VIMP08670 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VIMP08670 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VIMP08670 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VIMP08670 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VIMP08670 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VIMP08670 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VIMP08670 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VIMP08670 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VIMP08670 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VIMP08670 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VIMP08670 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VIMP08670 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VIMP08670 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VIMP08670 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VIMP08670 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VIMP08670 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VIMP08670 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VIMP08670 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VIMP08670 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VIMP08670 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VIMP08670 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VIMP08670 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VIMP08670 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VIMP08670 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VIMP08670 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VIMP08670 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VIMP08670 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VIMP08670 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VIMP08670 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VIMP08670 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VIMP08670 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VIMP08670 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VIMP08670 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VIMP08670 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VIMP08670 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VIMP08670 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VIMP08670 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VIMP08670 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VIMP08670 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VIMP08670 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VIMP08670 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VIMP08670 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VIMP08670 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VIMP08670 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VIMP08670 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VIMP08670 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
VIMP08670 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VIMP08670 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VIMP08670 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VIMP08670 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123.4 ms