Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VCX3AQ9NNX9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VCX3AQ9NNX9 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VCX3AQ9NNX9 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VCX3AQ9NNX9 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VCX3AQ9NNX9 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VCX3AQ9NNX9 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VCX3AQ9NNX9 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms