Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
TRIM40Q6P9F5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TRIM40Q6P9F5 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TRIM40Q6P9F5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TRIM40Q6P9F5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.1 ms