Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SKA1Q96BD8 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SKA1Q96BD8 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SKA1Q96BD8 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
SKA1Q96BD8 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms