Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.152e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.32e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 BMP4-205ENST00000558984 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.322e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 BMP4-202ENST00000417573 1784 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.432e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 BMP4-208ENST00000559642 505 ntTSL 311.53□□□□□ -0.562e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 BMP4-207ENST00000559501 1112 ntTSL 29.83□□□□□ -0.842e-12■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 ARHGEF11-201ENST00000361409 5788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 ARHGEF11-202ENST00000368194 6889 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.671e-6■■■■■ 55.7
SF3A3Q12874 REXO1-205ENST00000587524 1390 ntTSL 1 (best)20.72■□□□□ 0.913e-8■■■■■ 55.6
SF3A3Q12874 POLRMT-206ENST00000590709 1106 ntTSL 214.11□□□□□ -0.152e-8■■■■■ 55.5
SF3A3Q12874 INTS11-242ENST00000531377 816 ntTSL 514.81□□□□□ -0.043e-8■■■■■ 55.5
SF3A3Q12874 AGRN-204ENST00000466223 459 ntTSL 214.68□□□□□ -0.066e-10■■■■■ 55.3
SF3A3Q12874 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.395e-7■■■■■ 55.3
SF3A3Q12874 CCNL2-217ENST00000492998 745 ntTSL 316.48■□□□□ 0.235e-7■■■■■ 55.3
SF3A3Q12874 CCNL2-211ENST00000480479 2792 ntTSL 213.25□□□□□ -0.295e-7■■■■■ 55.3
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SF3A3Q12874 LMBR1L-225ENST00000552153 549 ntTSL 413.42□□□□□ -0.269e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-230ENST00000553204 582 ntTSL 311.88□□□□□ -0.519e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-219ENST00000551169 771 ntTSL 59.07□□□□□ -0.969e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-213ENST00000549730 585 ntTSL 58.76□□□□□ -1.019e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-212ENST00000549587 545 ntTSL 28.28□□□□□ -1.089e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-223ENST00000551854 535 ntTSL 47.73□□□□□ -1.179e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-222ENST00000551782 567 ntTSL 47.56□□□□□ -1.29e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 LMBR1L-215ENST00000550815 541 ntTSL 44.2□□□□□ -1.749e-9■■■■■ 55.1
SF3A3Q12874 ANKMY1-205ENST00000391988 569 ntTSL 516.83■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 55
SF3A3Q12874 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.163e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 ILKAP-202ENST00000450411 1024 ntTSL 214.7□□□□□ -0.063e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 ZNF652-203ENST00000508237 4543 ntTSL 213.93□□□□□ -0.183e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 ILKAP-206ENST00000466468 2651 ntTSL 213.67□□□□□ -0.223e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 ILKAP-205ENST00000465131 750 ntTSL 213.3□□□□□ -0.283e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 PISD-210ENST00000442379 722 ntTSL 212.37□□□□□ -0.433e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 TNKS-201ENST00000310430 9620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.83□□□□□ -0.683e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 SNHG26-201ENST00000415611 1099 ntTSL 5 BASIC8.62□□□□□ -1.033e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 ZNF652-201ENST00000362063 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.8□□□□□ -1.163e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 SNHG26-202ENST00000422542 1106 ntTSL 3 BASIC7.27□□□□□ -1.253e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 TNKS-206ENST00000518281 3897 ntTSL 2 BASIC7.07□□□□□ -1.283e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 SNHG26-203ENST00000432668 574 ntTSL 36.84□□□□□ -1.313e-9■■■■■ 54.7
SF3A3Q12874 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.172e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.072e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FBXL19-203ENST00000427128 3312 ntTSL 1 (best)17.11■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FHL3-203ENST00000477194 1091 ntTSL 229.48■■■□□ 2.313e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.753e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.333e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-205ENST00000560945 1807 ntTSL 1 (best)22.1■■□□□ 1.133e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.113e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.023e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.983e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.953e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.943e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.941e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.923e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-204ENST00000562831 609 ntTSL 320.74■□□□□ 0.913e-8■■■■■ 54.4
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SF3A3Q12874 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.793e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-204ENST00000594338 1853 ntTSL 519.88■□□□□ 0.771e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.711e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.673e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RUVBL2-208ENST00000596247 1563 ntTSL 218.92■□□□□ 0.621e-10■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.563e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-202ENST00000526008 1776 ntTSL 218.53■□□□□ 0.563e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-208ENST00000595908 1750 ntTSL 518.52■□□□□ 0.553e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-207ENST00000595467 1783 ntTSL 218.48■□□□□ 0.553e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-207ENST00000565364 1075 ntTSL 1 (best)18.39■□□□□ 0.533e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.533e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GALNS-203ENST00000562593 5682 ntTSL 1 (best)18.05■□□□□ 0.483e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.443e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TMEM147-204ENST00000477168 986 ntTSL 217.62■□□□□ 0.413e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-203ENST00000558466 1353 ntTSL 517.54■□□□□ 0.43e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SNX22-207ENST00000561334 2789 ntTSL 217.4■□□□□ 0.383e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.383e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.363e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.363e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 JAK3-203ENST00000527031 2809 ntTSL 217.17■□□□□ 0.343e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-223ENST00000590215 749 ntTSL 517.12■□□□□ 0.333e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.333e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.323e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 TPT1-205ENST00000442760 902 ntTSL 216.9■□□□□ 0.33e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FOXRED1-215ENST00000533395 704 ntTSL 516.79■□□□□ 0.283e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.273e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.263e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 FHL3-202ENST00000475084 882 ntTSL 516.56■□□□□ 0.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CCDC57-201ENST00000327026 5379 ntTSL 216.54■□□□□ 0.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-217ENST00000601716 670 ntTSL 516.53■□□□□ 0.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.243e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.233e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.223e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-227ENST00000592060 1952 ntTSL 1 (best)16.35■□□□□ 0.213e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.23e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 RECQL4-205ENST00000532846 1055 ntTSL 516.31■□□□□ 0.23e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 GPR108-210ENST00000597298 765 ntTSL 516.21■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.193e-8■■■■■ 54.4
SF3A3Q12874 REEP4-206ENST00000521744 635 ntTSL 316.18■□□□□ 0.183e-8■■■■■ 54.4
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