RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000308271.13

USP48-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP48, Length 4,595 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP48-201ENST00000308271 NISCHQ9Y2I1 1504 aa33.26■■■□□ 2.92
USP48-201ENST00000308271 DCAF8L2P0C7V8 631 aa32.07■■■□□ 2.72
USP48-201ENST00000308271 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP31.92■■■□□ 2.7
USP48-201ENST00000308271 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa31.39■■■□□ 2.62
USP48-201ENST00000308271 PCGF6Q9BYE7 350 aa30.74■■■□□ 2.51
USP48-201ENST00000308271 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP30.34■■■□□ 2.45
USP48-201ENST00000308271 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP30.25■■■□□ 2.43
USP48-201ENST00000308271 EHMT2Q96KQ7 1210 aa30.16■■■□□ 2.42
USP48-201ENST00000308271 HRCP23327 699 aa30.13■■■□□ 2.41
USP48-201ENST00000308271 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP29.88■■■□□ 2.37
USP48-201ENST00000308271 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP29.86■■■□□ 2.37
USP48-201ENST00000308271 MYT1Q01538 1121 aa29.69■■■□□ 2.34
USP48-201ENST00000308271 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP29.64■■■□□ 2.34
USP48-201ENST00000308271 TRIM41Q8WV44 630 aa29.62■■■□□ 2.33
USP48-201ENST00000308271 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP29.57■■■□□ 2.32
USP48-201ENST00000308271 APLP2Q06481 763 aa29.54■■■□□ 2.32
USP48-201ENST00000308271 CHIC1Q5VXU3 224 aa29.53■■■□□ 2.32
USP48-201ENST00000308271 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP29.34■■■□□ 2.29
USP48-201ENST00000308271 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP29.29■■■□□ 2.28
USP48-201ENST00000308271 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa29.17■■■□□ 2.26
USP48-201ENST00000308271 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP28.95■■■□□ 2.22
USP48-201ENST00000308271 UBTFP17480 764 aaKnown RBP28.83■■■□□ 2.21
USP48-201ENST00000308271 ERICH6Q7L0X2 663 aa28.72■■■□□ 2.19
USP48-201ENST00000308271 NEFLP07196 543 aa28.59■■■□□ 2.17
USP48-201ENST00000308271 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP28.58■■■□□ 2.17
USP48-201ENST00000308271 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP28.55■■■□□ 2.16
USP48-201ENST00000308271 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP28.46■■■□□ 2.15
USP48-201ENST00000308271 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa28.3■■■□□ 2.12
USP48-201ENST00000308271 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa28.27■■■□□ 2.12
USP48-201ENST00000308271 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
USP48-201ENST00000308271 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP28.19■■■□□ 2.1
USP48-201ENST00000308271 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP28.05■■■□□ 2.08
USP48-201ENST00000308271 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP27.93■■■□□ 2.06
USP48-201ENST00000308271 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP27.83■■■□□ 2.05
USP48-201ENST00000308271 ITGAEP38570 1179 aa27.81■■■□□ 2.04
USP48-201ENST00000308271 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP27.76■■■□□ 2.04
USP48-201ENST00000308271 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.76■■■□□ 2.03
USP48-201ENST00000308271 NEUROD1Q13562 356 aa27.63■■■□□ 2.01
USP48-201ENST00000308271 CLSPNQ9HAW4 1339 aa27.52■■■□□ 2
USP48-201ENST00000308271 BCANQ96GW7 911 aa27.42■■□□□ 1.98
USP48-201ENST00000308271 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.41■■□□□ 1.98
USP48-201ENST00000308271 CSRNP3Q8WYN3 585 aa27.38■■□□□ 1.97
USP48-201ENST00000308271 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP27.29■■□□□ 1.96
USP48-201ENST00000308271 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP27.28■■□□□ 1.96
USP48-201ENST00000308271 ANP32CO43423 234 aa27.27■■□□□ 1.96
USP48-201ENST00000308271 ABCC9O60706 1549 aa27.26■■□□□ 1.95
USP48-201ENST00000308271 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP27.22■■□□□ 1.95
USP48-201ENST00000308271 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP27.2■■□□□ 1.94
USP48-201ENST00000308271 POLR3GLQ9BT43 218 aa27.18■■□□□ 1.94
USP48-201ENST00000308271 MIER1Q8N108 512 aa27.06■■□□□ 1.92
USP48-201ENST00000308271 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP26.99■■□□□ 1.91
USP48-201ENST00000308271 FKBP8Q14318 412 aa26.98■■□□□ 1.91
USP48-201ENST00000308271 SCRIBQ14160 1630 aa26.94■■□□□ 1.9
USP48-201ENST00000308271 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP26.89■■□□□ 1.9
USP48-201ENST00000308271 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.86■■□□□ 1.89
USP48-201ENST00000308271 TRIM52Q96A61 297 aa26.84■■□□□ 1.89
USP48-201ENST00000308271 MYT1LQ9UL68 1186 aa26.74■■□□□ 1.87
USP48-201ENST00000308271 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP26.73■■□□□ 1.87
USP48-201ENST00000308271 CEP162Q5TB80 1403 aa26.72■■□□□ 1.87
USP48-201ENST00000308271 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP26.68■■□□□ 1.86
USP48-201ENST00000308271 EEA1Q15075 1411 aa26.67■■□□□ 1.86
USP48-201ENST00000308271 ANP32EQ9BTT0 268 aa26.62■■□□□ 1.85
USP48-201ENST00000308271 CLIP1P30622 1438 aa26.61■■□□□ 1.85
USP48-201ENST00000308271 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP26.61■■□□□ 1.85
USP48-201ENST00000308271 TONSLQ96HA7 1378 aa26.58■■□□□ 1.85
USP48-201ENST00000308271 TNIKQ9UKE5 1360 aa26.57■■□□□ 1.84
USP48-201ENST00000308271 GOLGA3Q08378 1498 aa26.53■■□□□ 1.84
USP48-201ENST00000308271 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.49■■□□□ 1.83
USP48-201ENST00000308271 P3H3Q8IVL6 736 aa26.44■■□□□ 1.82
USP48-201ENST00000308271 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP26.44■■□□□ 1.82
USP48-201ENST00000308271 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP26.43■■□□□ 1.82
USP48-201ENST00000308271 FAM9BQ8IZU0 186 aa26.32■■□□□ 1.8
USP48-201ENST00000308271 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP26.31■■□□□ 1.8
USP48-201ENST00000308271 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP26.26■■□□□ 1.79
USP48-201ENST00000308271 CEP164Q9UPV0 1460 aa26.25■■□□□ 1.79
USP48-201ENST00000308271 CCDC136Q96JN2 1154 aa26.25■■□□□ 1.79
USP48-201ENST00000308271 NBR1Q14596 966 aa26.21■■□□□ 1.79
USP48-201ENST00000308271 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP26.2■■□□□ 1.78
USP48-201ENST00000308271 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP26.19■■□□□ 1.78
USP48-201ENST00000308271 MRS2Q9HD23 443 aa26.19■■□□□ 1.78
USP48-201ENST00000308271 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP26.18■■□□□ 1.78
USP48-201ENST00000308271 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
USP48-201ENST00000308271 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP26.06■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP26.04■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 TMC1Q8TDI8 760 aa26.04■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 CANXP27824 592 aaKnown RBP26.02■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 SOGA1O94964 1423 aa26.02■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.01■■□□□ 1.76
USP48-201ENST00000308271 BCL11AQ9H165 835 aa26.01■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 NACADO15069 1562 aa25.99■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP25.97■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 PPP4R2Q9NY27 417 aa25.96■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.96■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa25.95■■□□□ 1.75
USP48-201ENST00000308271 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP25.95■■□□□ 1.74
USP48-201ENST00000308271 VPS8Q8N3P4 1428 aa25.95■■□□□ 1.74
USP48-201ENST00000308271 ARID3CA6NKF2 412 aa25.93■■□□□ 1.74
USP48-201ENST00000308271 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa25.93■■□□□ 1.74
USP48-201ENST00000308271 CCER2I3L3R5 266 aa25.93■■□□□ 1.74
USP48-201ENST00000308271 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 8 ms